2結(jié)果與分析
2.1類(lèi)腸膜魏斯氏菌對(duì)豬生長(zhǎng)性能的影響
如表1所示，試驗(yàn)組豬的平均日增重和平均日采食量均高于對(duì)照組，料重比低于對(duì)照組，但差異均不顯著(P>0.05)。
2.2類(lèi)腸膜魏斯氏菌對(duì)豬糞菌的影響
2.2.1α多樣性分析
按照97%的相似度聚類(lèi)后，2組樣品獲得1 119個(gè)操作分類(lèi)單元(OTU)，聚類(lèi)為16個(gè)門(mén)，22個(gè)綱，37個(gè)目，68個(gè)科，206個(gè)屬，361個(gè)種。如表2所示，2組的α多樣性指數(shù)均無(wú)顯著差異(P>0.05)，但對(duì)照組的α多樣性指數(shù)較試驗(yàn)組高。
表2α多樣性指數(shù)分析
2.2.2β多樣性分析
通過(guò)Weighted Unifrac(圖1-A)和Unweight unifrac(圖1-B)的加權(quán)距離主坐標(biāo)對(duì)試驗(yàn)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。圖1-A中2組的樣品完全分開(kāi)，說(shuō)明當(dāng)綜合主要物種的種類(lèi)和相對(duì)豐度等因素進(jìn)行分析時(shí)，添加類(lèi)腸膜魏斯氏菌后，糞菌結(jié)構(gòu)中主要部分發(fā)生顯著變化。圖1-B中2組樣品未完全分開(kāi)，部分重疊，說(shuō)明當(dāng)忽略物種的相對(duì)豐度，而綜合物種的多樣性和物種間的進(jìn)化關(guān)系進(jìn)行分析時(shí)，2組樣品既有相似部分，又有不同部分，添加類(lèi)腸膜魏斯氏菌對(duì)糞菌中相對(duì)豐度較小的菌影響較小。綜上所述，飼糧中添加類(lèi)腸膜魏斯氏菌后，豬的糞菌中優(yōu)勢(shì)菌群組成發(fā)生了改變。
2.2.3基于門(mén)水平的菌群結(jié)構(gòu)分析
如表3所示，2組樣品主要聚類(lèi)在3個(gè)門(mén)：厚壁菌門(mén)、擬桿菌門(mén)和螺旋體門(mén)。結(jié)果顯示，與對(duì)照組相比，添加類(lèi)腸膜魏斯氏菌極顯著提高了螺旋體門(mén)相對(duì)豐度(P<0.01)，顯著提高了變形菌門(mén)相對(duì)豐度(P<0.05)；提高了厚壁菌門(mén)/擬桿菌門(mén)的比值，但差異不顯著(P>0.05)；降低了擬桿菌門(mén)的相對(duì)豐度，但差異不顯著(P>0.05)。
表3門(mén)水平的優(yōu)勢(shì)菌群結(jié)構(gòu)
2.2.4基于屬水平的菌群結(jié)構(gòu)分析
如表4所示，2組中的相對(duì)豐度最高的菌屬均為鏈球菌屬。試驗(yàn)組的狹義梭菌屬_1(P<0.05)和密螺旋體屬_2(P<0.01)的相對(duì)豐度顯著或極顯著高于對(duì)照組，Norank_f_F082和瘤胃球菌科_UCG-002相對(duì)豐度則顯著低于對(duì)照組(P<0.05)。
表4屬水平的優(yōu)勢(shì)菌群結(jié)構(gòu)
2.2.5群落組成差異分析
采用LEfSe研究添加類(lèi)腸膜魏斯氏菌后對(duì)豬糞菌群結(jié)構(gòu)的影響，結(jié)果如圖2所示。LDA值>3.0時(shí)，2組共獲得27個(gè)生物標(biāo)記物，其中試驗(yàn)組獲得15個(gè)生物標(biāo)記物。對(duì)照組LDA值最大的是瘤胃球菌科_UCG-002，試驗(yàn)組的是狹義梭菌屬_1。綱水平上，試驗(yàn)組中丹毒絲菌綱相對(duì)豐度高于對(duì)照組，Norank-p-WPS-2的相對(duì)豐度則低于對(duì)照組。屬水平上，試驗(yàn)組的狹義梭菌屬_1、土孢菌屬、理研菌科RC9腸道群、志賀氏大腸桿菌和真桿菌屬相對(duì)豐度高于對(duì)照組，瘤胃球菌科_UCG-002、WPS-2、瘤胃球菌科_UCG-014、未分類(lèi)的毛螺菌科、多雷亞菌屬和未明確的柔膜菌目RF39的相對(duì)豐度則低于對(duì)照組。
2.3差異代謝產(chǎn)物分析
2.3.1 PLS-DA
本研究采用判別分析的直觀展示分類(lèi)效果較好的PLS-DA方法對(duì)差異代謝產(chǎn)物進(jìn)行分析。如圖3所示，2種模式下(正負(fù)離子)，2組樣品完全分開(kāi)且分離度較大，說(shuō)明飼糧中添加類(lèi)腸膜魏斯氏菌后，豬糞便中代謝物的組成發(fā)生了改變。
2.3.2代謝物注釋
本研究采用非靶向代謝組學(xué)方法對(duì)樣本中的差異代謝產(chǎn)物進(jìn)行分析。采用倍數(shù)變化法即根據(jù)代謝物的絕對(duì)定量結(jié)果，計(jì)算某個(gè)代謝物在2組間表達(dá)量的差異表達(dá)倍數(shù)(FC)值。當(dāng)差異表達(dá)倍數(shù)大于2.5或者小于0.45，P值小于0.05時(shí)，差異代謝產(chǎn)物結(jié)果見(jiàn)表5。與對(duì)照組相比，添加類(lèi)腸膜魏斯氏菌后，試驗(yàn)組中2-羥基十六烷酸(P<0.01)、磷酸脫氧腺苷(P<0.01)、2-羥基十四烷酸(P<0.05)和Avocadene acetate(P<0.05)差異表達(dá)倍數(shù)顯著或極顯著上調(diào)，Corchorifatty acid F(P<0.05)和2,3-丁炔前列腺素E1(P<0.01)差異表達(dá)倍數(shù)顯著或極顯著下調(diào)，其中2-羥基十四烷酸和Corchorifatty acid F分別是上調(diào)和下調(diào)差異表達(dá)倍數(shù)最高的代謝產(chǎn)物，脂肪酸類(lèi)物質(zhì)如2-羥基十六烷酸和2-羥基十四烷酸差異表達(dá)倍數(shù)均極顯著上調(diào)(P<0.01)，2,3-丁炔前列腺素E1差異表達(dá)倍數(shù)極顯著下調(diào)(P<0.01)。
2.3.3關(guān)聯(lián)分析
本研究采用將差異代謝產(chǎn)物和差異菌群關(guān)聯(lián)性分析(圖4)。飼糧中添加類(lèi)腸膜魏斯氏菌后，狹義梭菌屬_1和土孢桿菌屬相對(duì)豐度與Corchorifatty acid F差異表達(dá)倍數(shù)呈顯著負(fù)相關(guān)(P<0.05)，狹義梭菌屬_1和理研菌科RC9腸道群相對(duì)豐度與2-羥基十六烷酸差異表達(dá)倍數(shù)呈極顯著正相關(guān)(P<0.01)，土孢桿菌屬相對(duì)豐度與N-di-腺嘌呤脫氧核苷酸差異表達(dá)倍數(shù)呈顯著負(fù)相關(guān)(P<0.05)，瘤胃球菌科_UCG-002相對(duì)豐度與2-羥基十六烷酸(P<0.05)和N-di-腺嘌呤脫氧核苷酸差異表達(dá)倍數(shù)(P<0.01)呈顯著或極顯著負(fù)相關(guān)。
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