鹽堿土多為極端高鹽高堿的土壤環(huán)境，雖不適宜動、植物生存，但卻棲息著大量的耐鹽堿、甚至嗜鹽堿的微生物類群。這些微生物的生命活動在改變鹽堿土土壤理化性質(zhì)的同時，也受其極端理化性質(zhì)的影響，從而可能形成適應高鹽堿環(huán)境的，與一般微生物不同的細胞結構、遺傳特性和生理功能。因此，鹽堿土是潛在的天然微生物資源寶庫。
微生物通常分為細菌與真菌，細菌部分，上篇已經(jīng)講過了，下面來講講鹽堿土壤真菌群落結構分布特征。
真菌類群是土壤微生物的重要組成部分，在黃河三角洲鹽堿土壤真菌群落及多樣性的研究中，王艷云等共檢測到子囊菌門(Ascomycota)、擔子菌門(Basidiomycota)、壺菌門(Chytridiomycota)、毛霉亞門(Mucoromycotina)和球囊菌門(Glomeromycota)5個真菌門的157個真菌屬。所有樣品中子囊菌門的豐度最高，其次是擔子菌門，且不同植被的鹽堿土壤中真菌群落結構及多樣性具有一定的差異性。劉德勝在黃河三角洲重度鹽堿土中分離到子囊菌門、接合菌門(Zygomycota)的26株真菌，包括叢梗孢科的青霉屬(Penicillium)、曲霉屬(Aspergillus)，球腔菌科的枝孢霉屬(Cladosporium)，赤殼科的鐮孢霉屬(Fusarium)，肉座菌科的支頂孢屬(Acremonium)、木霉屬(Trichoderma)，雙足囊菌科的白地霉屬(Ga?lactomyces)以及毛霉菌科毛霉屬(Mucor)，優(yōu)勢菌群為曲霉屬真菌。我國多樣性的鹽堿土類型中蘊含著有助于鹽堿土改良的豐富的真菌資源。如張建峰等在長春市農(nóng)安縣西鹽堿土樣品中分離出一株繩狀青霉(Penicilliumfuniculosum)P1，該菌株對于難溶性磷酸鹽有較強的溶解能力，且對硝態(tài)氮有一定的利用能力，這為解決鹽堿土壤硝態(tài)氮含量過高、土壤板結等問題提供了菌種資源。
外生菌根和內(nèi)生菌根是一類重要的真菌類群，它們具有較強的適應性，能夠與高等植物形成共生體，為植物生長提供所需的養(yǎng)分。因此，鹽堿土中外生菌根和內(nèi)生菌根真菌的研究一直是國內(nèi)外學者的關注熱點。針對外生菌根真菌，Ishida等以生長在松嫩平原蘇打鹽堿土蒙古柳為研究材料，從其根部分離到外生菌根真菌11個種，其中優(yōu)勢菌群為Geoporasp.1，其可能與蒙古柳互惠共生并能在一定程度上抵抗逆境。而區(qū)別于上述的外生菌根真菌，叢枝菌根(Arbuscularmycorrhiza，AM)是一種能夠與大多數(shù)陸地植物形成共生體的、最典型的內(nèi)生菌根。AM真菌與宿主植物的共生對植物在鹽堿環(huán)境中的生存起到了非常重要的作用。因此，鹽堿土壤AM真菌的研究受到了很多研究者的關注。許多研究均表明，鹽堿土中具有豐富的AM真菌資源。張義飛等［33］從松嫩平原西部鹽堿土植被羊草的根系中分離到4個屬11個種的AM真菌。唐明等在內(nèi)蒙古鹽堿土13種植被的根系上分離到AM真菌3個屬26個種，其中22個種為球囊霉屬(Glomus)，3個種為無梗囊霉屬(Acaulospora)，1種為原囊霉屬(Archaeospora)，優(yōu)勢種是地球囊霉(Glomusgeosporum)和地表球囊霉(Glomusversiforme)。這些AM真菌菌株可以提高宿主植物的耐鹽堿能力、增強植物的光合作用，促進宿主植物在高鹽環(huán)境中對養(yǎng)分的吸收利用。同時，其群落結構多樣性以及對植物根系的侵染能力會受到土壤鹽堿度等生態(tài)因子的影響。這說明真菌廣泛分布于鹽堿土壤以及生長在植被根系土壤上，群落結構多樣性和豐度高，不同類型鹽堿土及植被下土壤真菌的群落結構組成具有差異性，均存在各自的優(yōu)勢菌群。
由此可見，我國不同地域鹽堿土壤所具有的多樣的環(huán)境條件，如地理位置和氣候條件等，很可能是影響土壤真菌群落的分布特征及其群落結構多樣性的主要驅(qū)動因素，從而使我國鹽堿土孕育著極為豐富的真菌資源。這些適應鹽堿環(huán)境的土壤真菌是潛在的，有助于鹽堿土養(yǎng)分改良和促進鹽堿土植被生長的菌株資源。