1.2.3菌落PCR鑒定
以菌落為模板,采用2×Phanta®Max Master Mix(Dye Plus)酶進(jìn)行菌落PCR鑒定。反應(yīng)體系為:滅菌蒸餾水8.5 mL,2×Phanta®Max 12.5 mL,菌液模板2.0 mL,上下游引物各1.0 mL,共25.0 mL。反應(yīng)條件為:94℃2 min;94℃30 s,55℃30 s,72℃50 s,30個循環(huán)。
1.2.4病毒拯救
在轉(zhuǎn)染前1 d,將鋪滿單層90%以上的BHK-21細(xì)胞鋪于6孔細(xì)胞培養(yǎng)板中,將菌落PCR鑒定正確的SVA重組質(zhì)粒通過脂質(zhì)體Lipofectamine 3000按照試劑盒建議的試驗方案進(jìn)行轉(zhuǎn)染,同時轉(zhuǎn)染EGFP N2質(zhì)粒觀察轉(zhuǎn)染效率,置于37℃含5%CO2的培養(yǎng)箱中培養(yǎng),48 h后觀察轉(zhuǎn)染效率;成功轉(zhuǎn)染的細(xì)胞反復(fù)凍融3次,8 000 r/min離心5 min收獲上清,將上清重新接種于新的BHK-21細(xì)胞,盲傳3代(F3),觀察細(xì)胞病變情況,收集發(fā)生病變的細(xì)胞毒。
1.2.5拯救病毒鑒定
將拯救的病毒傳至第5代(F5),收獲病毒培養(yǎng)液,通過天隆DNA/RNA磁珠法全自動核酸提取試劑盒,采用HiScript®III RT SuperMix for qPCR(+gDNA wiper)進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄,同時清除DNA以排除轉(zhuǎn)染質(zhì)粒對測序結(jié)果的干擾。依據(jù)2017年廣東SVA全基因序列(登錄號:MG428683.1),設(shè)計7對引物(表2),能夠擴(kuò)增出部分重疊、覆蓋SVA全基因組序列的7條片段。以cDNA為模板,進(jìn)行PCR擴(kuò)增。反應(yīng)體系為:滅菌蒸餾水19 mL,2×Phanta®Max 25 mL,cDNA模板2 mL,上下游引物各2 mL,共50 mL。反應(yīng)條件為:94℃2 min;94℃30 s,55℃30 s,72℃50 s,30個循環(huán)。PCR產(chǎn)物進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳,電泳陽性條帶切膠后送生工生物技術(shù)公司測序。
表2拯救病毒鑒定用引物序列
1.2.6生長曲線分析
將傳至第5代的拯救毒株與親本毒株(MOI=0.1)分別接種鋪滿單層BHK-21細(xì)胞的96孔板中,每種毒株3次重復(fù),吸附1 h,PBS洗滌2次,加入含2%胎牛血清的培養(yǎng)液繼續(xù)培養(yǎng)。在接種后6、12、18、24 h分別收獲病毒,測定不同時間點病毒TCID50,繪制病毒生長曲線,比較拯救毒株與親本毒株的增殖特性。
1.2.7間接免疫熒光試驗
在12孔板中接種BHK-21細(xì)胞,待細(xì)胞生長至90%,分別接種rSVA與親本毒株(MOI=0.1),同時設(shè)置陰性對照;接毒18 h后,以4%冰冷多聚甲醛固定細(xì)胞10 min;PBS洗滌3次后用5%BSA溶液封閉,孵育特異性SVA一抗(針對VP2蛋白),PBS洗滌后孵育FITC標(biāo)記的二抗,在熒光顯微鏡下觀察結(jié)果。
1.2.8噬斑形成試驗
將拯救毒株與親本毒株樣品連續(xù)10倍稀釋后分別接種BHK-21細(xì)胞,放置于37℃5%CO2培養(yǎng)箱中感染1 h;棄去病毒液,用PBS洗滌細(xì)胞2~3次;將低熔點瓊脂糖與2×DMEM(體積比為1:1)混合后以2 mL/孔加入6孔板中,繼續(xù)培養(yǎng)2~3 d;在顯微鏡下觀察,當(dāng)產(chǎn)生明顯噬斑后用4%甲醛溶液固定細(xì)胞3 h,每孔加入0.5 mL 1%結(jié)晶紫室溫染色0.5 h;水洗去染色液,進(jìn)行噬斑形態(tài)觀察。
2結(jié)果
2.1 SVA感染性克隆構(gòu)建策略
SVA基因組全長較短,僅7.3 kb,可采用高保真酶一步法擴(kuò)增。同時幾個基因元件擴(kuò)增引物設(shè)計好同源臂,使pWSK-29載體5'端到3'端依次重組進(jìn)CMV、SVA全基因組、poly(A)+HDVr(圖1)。
圖1 pWSK-29-SVA感染性克隆示意圖
2.2 SVA全基因組及相關(guān)基因片段PCR擴(kuò)增
如圖2所示:以SVA-GXT91 RNA為模板擴(kuò)增出長度約為7.3 kb的SVA病毒基因片段;以引物為模板,通過退火自結(jié)合方式擴(kuò)增出了poly(A)+HDVr;以EGFP N2質(zhì)粒為模板,擴(kuò)增出了CMV啟動子。
圖2 SVA全基因組與poly(A)+HDVr、CMV片段PCR擴(kuò)增結(jié)果
2.3同源重組及菌落PCR鑒定
將pWSK-29質(zhì)粒經(jīng)SacI/HindIII雙酶切線性化,在同源重組酶ExnaseMulitS催化下,將CMV啟動子、SVA全基因組、polyA+HDVr依次重組進(jìn)pWSK-29載體,構(gòu)建出pWSK-29-SVA重組質(zhì)粒。將重組質(zhì)粒pWSK-29-SVA轉(zhuǎn)化至感受態(tài)細(xì)胞,過夜培養(yǎng)后,利用鑒定引物對菌落進(jìn)行PCR鑒定并測序。經(jīng)鑒定,所構(gòu)建的SVA感染性克隆質(zhì)粒完全符合預(yù)期設(shè)計(圖3)。
圖3 pWSK-29-SVA菌落PCR鑒定結(jié)果
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