2結(jié)果
2.1測(cè)序數(shù)據(jù)整體分析
通過(guò)對(duì)14只馬里努阿犬糞便菌群的16SrRNA基因進(jìn)行DNA高通量測(cè)序，14份糞便樣本得到高質(zhì)量序列數(shù)873057條(49011~120888)，序列平均長(zhǎng)度為452.24bp。為了使所有樣品在同一測(cè)序深度進(jìn)行比較分析，從每個(gè)基因組DNA樣品中隨機(jī)抽取49000個(gè)序列進(jìn)行后續(xù)分析。2.2安靜型犬與活潑型犬糞便細(xì)菌群落的多樣性比較不同神經(jīng)類(lèi)型犬糞便菌群的Alpha多樣性分析見(jiàn)圖1a、1b。Chao1指數(shù)和Shannon指數(shù)在安靜型與活潑型犬糞便菌群中分別為197.70、230.81和2.33、2.80。就菌群豐富度而言，活潑型犬糞便菌群中Chao1指數(shù)顯著高于安靜型犬(P小于0.05)。①A，安靜型犬組;H，活潑型犬組。下圖同。②a，Chao1指數(shù);b，Shannon指數(shù);c，PCoA分析;d，層級(jí)聚類(lèi)分析①A，Quietdoggroup;H，Livelydoggroup.Thesameasbelow.②a，Chao1index;b，Shannonindex;c，PCoAanalysis;d，Hierarchicalclusteringanalysis犬糞便菌群的Beta多樣性分析結(jié)果(圖1c、1d)顯示，安靜型與活潑型犬糞便菌群結(jié)構(gòu)之間存在明顯分離(R2=0.59，P小于0.01)，PCoA1軸和PCoA2軸分別詮釋了33.34%和27.09%的差異。安靜型犬(其中1個(gè)樣品除外)和活潑型犬糞便菌群在聚類(lèi)樹(shù)分支中分區(qū)明顯，且兩組間處于不同的聚類(lèi)樹(shù)分支中。
圖1安靜型犬和活潑型犬糞便菌群的多樣性分析
2.3安靜型犬與活潑型犬糞便細(xì)菌群落的物種組成
在所有犬糞便樣品中共檢測(cè)出涵蓋18個(gè)門(mén)和158個(gè)屬的微生物群落。在安靜型與活潑型犬糞便中均檢測(cè)出5個(gè)相對(duì)豐度大于1%的細(xì)菌門(mén)(表2)，其中Firmicutes的相對(duì)豐度在兩種犬糞便菌落中最高。此外，安靜型犬糞便菌群中梭桿菌門(mén)(Fusobacteria)和變形菌門(mén)(Proteobacteria)的相對(duì)豐度極顯著高于活潑型犬(P小于0.01)，而B(niǎo)acteroidetes的相對(duì)豐度顯著低于活潑型犬(P小于0.05)。在屬水平上，安靜型犬和活潑型犬糞便菌群中鑒定出8個(gè)相對(duì)豐度大于5%的菌屬(表2)。其中，安靜型犬糞便中的梭桿菌屬(Fusobacterium)、乳桿菌屬(Lactobacillus)和未分類(lèi)紫單胞菌屬(unclassified_Porphyromonadaceae)的相對(duì)豐度均顯著高于活潑型犬(P小于0.05)，而糞便菌群中的異桿菌屬(Allobaculum)、經(jīng)黏液真桿菌屬(Blautia)、梭菌屬-ⅪⅤa(Clostridium-ⅪⅤa)、梭菌屬-Ⅺ(Clostridium-Ⅺ)和普雷沃菌屬(Prevotella)的相對(duì)豐度顯著低于活潑型犬(P小于0.05)。
表2安靜型與活潑型犬糞便菌群在門(mén)水平和屬水平的相對(duì)豐度
2.4安靜型犬與活潑型犬糞便菌群特異性差異的比較
安靜型犬與活潑型犬糞便菌群在各分類(lèi)水平的分布中存在差異。由圖2可知，F(xiàn)usobacteria(包括其分支Fusobacterium、Fusobacteriaceae、Fusobacteriales、Fusobacteriia)以及Proteobacteria等特定菌屬在安靜型犬糞便中顯著富集(P小于0.05)，而Firmicutes(涵蓋了Prevotella、Prevotellaceae、Faecalibacterium、unclassified_Ruminococcaceae、Ruminococcaceae、Clostridiales、Clostridia)在活潑型犬糞便中顯著富集(P小于0.05)。
a，LEfSe進(jìn)化分支分析;b，LEfSe分布柱狀分析
圖2安靜型犬與活潑型犬糞便微生物菌群分布差異
2.5安靜型與活潑型犬糞便菌群之間的相關(guān)性
兩種犬糞便菌群之間的相關(guān)性見(jiàn)圖3，圖中不同顏色的橢圓代表不同細(xì)菌菌群之間的相關(guān)性強(qiáng)度，顏色越深表示相關(guān)性越高。由圖3可知，在門(mén)水平上，Proteobacteria和Bacteroidetes存在顯著的負(fù)相關(guān)關(guān)系(P小于0.05)，相關(guān)系數(shù)達(dá)0.53。在屬水平上，共有36個(gè)菌屬之間存在190種顯著的相關(guān)關(guān)系(P小于0.05)，其中Escherichia-Shigella與Lactobacillus等相鄰菌屬之間呈現(xiàn)出了較強(qiáng)的正相關(guān)性，而Parasutterella與unclassified_Fusobacteriaceae等不相鄰菌屬之間則呈現(xiàn)出顯著的負(fù)相關(guān)關(guān)系(P小于0.05)。
圖3門(mén)(a)和屬(b)水平糞便菌群之間的相關(guān)性
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