對于高通量測序的微生物樣品前期一定要注意取樣的及時(shí)性以及低溫性，樣本質(zhì)量是影響實(shí)驗(yàn)結(jié)果的最關(guān)鍵因素，因此用于研究的實(shí)驗(yàn)樣本，在采集、貯存、運(yùn)輸和制備的過程中盡可能地做到迅速，最大限度的縮短從樣本采集到實(shí)驗(yàn)的時(shí)間。且在所取樣本離體后條件允許應(yīng)應(yīng)立即投入液氮中速凍至少1小時(shí)，之后保存于-80℃冰箱或者干冰中，確保在實(shí)驗(yàn)操作前樣品始終處于-80℃，以避免DNA/RNA的降解。下面來了解下不同樣品怎么提取微生物。
不同樣品的取樣方法
預(yù)包裝食品
①直接食用的小包裝食品：盡可能取原包裝，直到檢驗(yàn)前不要開封，以防污染。
②桶裝或大容器包裝的液體食品：取樣前應(yīng)搖動(dòng)或用滅菌棒攪拌液體，盡量使其達(dá)到均質(zhì)；裝入滅菌容器的量不應(yīng)超過其容量的四分之三，以便于檢驗(yàn)前將樣品搖勻；取完樣品后，應(yīng)用消毒的溫度計(jì)插入液體內(nèi)測量食品的溫度，并作記錄。盡可能不用水銀溫度計(jì)測量，以防溫度計(jì)破碎后水銀污染食品；如為非冷藏易腐食品，應(yīng)迅速將所取樣品冷卻至0℃~4℃。
③桶裝或大容器包裝的固體食品：每份樣品應(yīng)用滅菌取樣器從幾個(gè)不同部位采取，一起放入一個(gè)滅菌容器內(nèi)；注意不要使樣品過度潮濕，以防食品中固有的細(xì)菌增殖。
④桶裝或大容器包裝的冷凍食品：對于大塊冷凍食品，應(yīng)從幾個(gè)不同部位用滅菌工具取樣，使樣品具有充分的代表性；在將樣品送達(dá)實(shí)驗(yàn)室前，要始終保持樣品處于冷凍狀態(tài)。樣品一旦融化，不可使其再凍，保持冷卻即可。
生產(chǎn)過程中的取樣
劃分檢驗(yàn)批次，應(yīng)注意同批產(chǎn)品質(zhì)量的均一性；如用固定在貯液桶或流水作業(yè)線上的取樣龍頭取樣時(shí)，應(yīng)事先將龍頭消毒；當(dāng)用自動(dòng)取樣器取不需要冷卻的粉狀或固定食品時(shí)，必須履行相應(yīng)的管理辦法，保證產(chǎn)品的代表性不被人為地破壞。
液體樣品
通常情況下，液態(tài)食品較容易獲得代表性樣品。液態(tài)食品（如牛奶、奶昔、糖漿）一般盛放在大罐中，取樣時(shí)，可連續(xù)或間歇攪拌（可使用滅菌的長柄勺攪拌），對于較小的容器，可在取樣前將液體上下顛倒，使其完全混勻。較大的樣品（100ml~500ml）要放在已滅菌的容器中送往實(shí)驗(yàn)室。實(shí)驗(yàn)室在取樣檢測之前應(yīng)將液體再徹底混勻一次。
對于牛奶、葡萄酒、植物油等，常采用虹吸法（或用長形吸管）按不同深度分層取樣，并混勻。如樣品粘稠或含有固體懸浮物或不均勻液體應(yīng)充分?jǐn)噭蚝?，方可取樣?
固體樣品
依所取樣品材料的不同，所使用的工具也不同。固態(tài)樣品常用的取樣工具有滅菌的解剖刀、勺子、軟木鉆、鋸子和鉗子等。面粉或奶粉等易于混勻的食品，其成品質(zhì)量均勻、穩(wěn)定，可以抽取小樣品（如100g）檢測。但散裝樣品必須從多個(gè)點(diǎn)取大樣，且每個(gè)樣品都要單獨(dú)處理，在檢測前要徹底混勻，并從中取一份樣品進(jìn)行檢測。
肉類、魚類或類似的食品既要在表皮取樣又要在深層取樣。深層取樣時(shí)要小心不要被表面污染。有些食品，如鮮肉或熟肉可用滅菌的解剖刀和鉗子取樣；冷凍食品可在未解凍的狀態(tài)下可用鋸子、木鉆或電鉆（一般斜角鉆入）等獲取深層樣品；全蛋粉等粉末狀樣品取樣時(shí)，可用滅菌的取樣器斜角插入箱底，樣品填滿取樣器后提出箱外，再用滅菌小勺從上、中、下部位取樣。
表面取樣
通過惰性載體可以將表面樣品上的微生物轉(zhuǎn)移到合適的培養(yǎng)基中進(jìn)行微生物的檢驗(yàn)，這種惰性載體既不能引起微生物死亡，也不應(yīng)使其增殖。這樣的載體包括清水、拭子、膠帶等。取樣后，要使微生物長期保存在載體上，既不死亡又不增殖十分困難，所以應(yīng)盡早的將微生物轉(zhuǎn)接到適當(dāng)?shù)呐囵B(yǎng)基中。轉(zhuǎn)移前耽誤的時(shí)間越長，品質(zhì)評價(jià)的可靠性就越差。
厭氧微生物檢驗(yàn)用樣品的采取
取樣檢測厭氧微生物時(shí)，很重要的一點(diǎn)是食品樣品中不能含有游離氧。例如在肉的深層取少量樣品后，要避免使之暴露在空氣當(dāng)中。如只能抽取小樣品，或需使用棉拭子取樣時(shí)，就要用一種合適的轉(zhuǎn)接培養(yǎng)基（如Stuart運(yùn)送培養(yǎng)基）來降低氧的濃度。例如，如使用藻酸鹽羊毛拭子取樣后，就不能再放入原來的試管，而應(yīng)放在盛有Stuart運(yùn)送培養(yǎng)基的瓶中。棉拭子使用前要先用強(qiáng)化的梭菌培養(yǎng)基浸濕。
水樣的采取
采集水樣應(yīng)注意無菌操作，以防止雜菌混入。取水樣時(shí)，最好選用帶有防塵磨口瓶塞的廣口瓶。對于用氯氣處理過的水，取樣前在每500ml的水樣中加入2ml的1.5%的硫代硫酸鈉溶液。
在取自來水時(shí)，水龍頭嘴的里外都應(yīng)擦干凈。再用酒精燈灼燒水龍頭滅菌，然后把水龍頭完全打開，放水5min~10min后再將水龍頭關(guān)小，采集水樣。這樣的取樣方法能確保供水系統(tǒng)的細(xì)菌學(xué)分析的質(zhì)量，但是如果檢測的目的是用于追蹤微生物的污染源，建議還應(yīng)在龍頭滅菌之前取水樣或在龍頭的里邊和外邊用棉拭子涂抹取樣，以檢測龍頭自身污染的可能性。
從水庫、池塘、井、河流等處取水樣時(shí)，用無菌的器械或工具拿取瓶子和打開瓶塞。應(yīng)先將無菌取樣器浸入水下1cm~15cm處（井水則在水下50cm深處采樣），然后掀起瓶塞采集水樣。流動(dòng)水區(qū)應(yīng)分別采取靠岸邊及水流中心的水。如果不具備適當(dāng)?shù)娜觾x器或臨時(shí)取樣工具，只能用手操作，但取樣時(shí)應(yīng)特別小心，防止用手接觸水樣或取樣瓶內(nèi)部。
空氣樣品的采取
空氣的取樣方法，有直接沉降法和過濾法。
在檢驗(yàn)空氣中細(xì)菌含量的各種沉降法中，平皿法是最早的方法之一，到目前為止，這種方法在判斷空氣中浮游微生物分次自沉現(xiàn)象方面仍具有一定的意義。平皿法就是將瓊脂平板或血液瓊脂平板放在空氣中暴露一定時(shí)間，然后37℃培養(yǎng)48h，計(jì)算所生長的菌落數(shù)。
幾種較常見的表面取樣技術(shù)：
①拭子法
進(jìn)行定量檢測時(shí)，必須先用滅菌取樣框（塑料或不銹鋼等）確定被測試的區(qū)域。
棉花-羊毛拭子：用干燥的棉花-羊毛纏在長4cm，直徑1cm~1.5cm的木棒或不銹鋼絲上做成棉花-羊毛拭子。然后將拭子放在試管中，蓋上蓋子后滅菌。取樣時(shí)先將拭子在稀釋液中浸濕，然后在待測樣品的表面緩慢旋轉(zhuǎn)拭子平行用力涂抹兩次。涂抹的過程中應(yīng)保證拭子在取樣框內(nèi)。取樣后拭子重新放回裝有10ml取樣溶液的試管中。
藻酸鹽棉拭子：由海藻酸鈣羊毛制成。將海造酸鹽羊毛纏在直徑為1.5mm的木棒上做成長1cm~1.5cm、直徑7mm的拭子頭，滅菌后放入試管中。取樣步驟同①。取樣后放入裝有10ml的1+4Ringer氏溶液（含1%偏磷酸六納）的試管中。
②淋洗法
用10倍于樣品的滅菌稀釋液（質(zhì)量比）對樣品進(jìn)行淋洗，得到1：10的樣品原液，這種取樣方法可適用于全禽、干果、蔬菜等食品。報(bào)告結(jié)果時(shí)，應(yīng)注明該結(jié)果僅代表樣品表面的細(xì)菌總數(shù)。
③膠帶法
這種取樣方法要用到不干膠帶或不干膠標(biāo)簽。不干膠標(biāo)簽的優(yōu)點(diǎn)是能把取樣的詳細(xì)情況寫在標(biāo)簽的背面，取樣后貼在粘貼架上。不干膠膠帶取樣后同樣需轉(zhuǎn)接到一個(gè)無菌粘貼架上。這種方法可用于檢測食品表面和儀器、設(shè)備表面的微生物。膠帶和標(biāo)簽制成后，可用易揮發(fā)溶液進(jìn)行短時(shí)間的滅菌。必須確保滅菌后的膠帶無菌或殘留的微生物失去活性。
膠帶或標(biāo)簽的一端要向內(nèi)彎回大約1cm左右以方便使用。取樣時(shí)，把膠帶從粘貼架上取下壓在待測物質(zhì)表面，迅速取樣后，重新粘回到模板上。送到實(shí)驗(yàn)室后，將膠帶（或標(biāo)簽）從粘貼架上取下，壓在所需培養(yǎng)基表面。
④瓊脂腸法
瓊脂腸有無菌圓塑料袋（或塑料筒）和加入其中的無菌瓊脂培養(yǎng)基制成。可在實(shí)驗(yàn)室制作，一些國家也有成品出售。使用時(shí)，在瓊脂的末端無菌切開，將暴露的瓊脂面壓在樣品表面，用無菌解剖刀切下一薄片，放在培養(yǎng)皿上培養(yǎng)。
⑤影印盤
影印盤是一種無菌的塑料盤，也可稱為“觸盤”，可以從許多生產(chǎn)廠商處買到。制作時(shí)按要求在容器中央填滿足夠的瓊脂培養(yǎng)基，并形成凸?fàn)蠲?，需要時(shí)，將瓊脂表面壓在待測物表面。取樣后再放入適當(dāng)?shù)臏囟扰囵B(yǎng)。
⑥觸片法
用一個(gè)無菌玻片觸壓食品表面，帶回實(shí)驗(yàn)室。固定染色（如革蘭氏法）后在顯微鏡下檢測，也可以將取樣的玻片壓在倒有培養(yǎng)基的平板上，將細(xì)菌轉(zhuǎn)接到瓊脂表面，（用無菌鑷子）移去玻片后，培養(yǎng)平板。這種方法不能用于菌體計(jì)數(shù)，但能快速判斷優(yōu)勢菌落的類型，這對生肉、禽肉和軟奶酪等食品更為適用。
⑦表層切片法
用滅菌解剖刀或鑷子切取一薄層表層樣品。這種方法最適用于家禽皮膚的取樣。將樣品放入裝有適當(dāng)稀釋液和適當(dāng)稀釋度的容器中，均質(zhì)后得到初始濃度為10-1的樣品原液。
相關(guān)新聞推薦
1、赤水曬醋醋酸發(fā)酵過程原核微生物群落及理化因子相關(guān)性分析
2、藥物生產(chǎn)或檢驗(yàn)用菌種培養(yǎng)中微生物生長繁殖的影響及控制